Dans l'histoire de la médecine, au moins jusqu'au XVIe siècle, l'histoire de l'aromathérapie se confond en grande partie avec celle de la phytothérapie.

Les plantes, dans leur ensemble, constituaient la base de la pharmacopée des civilisations antiques. Si l'on retrouve les traces de méthodes de distillation ou d'extraction, en Chine ou en Inde, datant de plusieurs millénaires, c'est en Égypte que leur utilisation a été avérée. En Grèce, les écrits de Dioscoride font référence à l'utilisation d'extraits aromatiques. Les Romains les utilisèrent aussi sous forme d'onguents gras. Les procédés d'extractions s'améliorèrent par la suite, les pharmacopées les utilisant surtout après le XVIe siècle. C'est à partir du XIXe siècle, que l'on commença à isoler et classifier les principes actifs des molécules odoriférantes ce qui permit leur utilisation spécifique. Le terme d'aromathérapie recouvre des pratiques médicales très variées utilisant les huiles essentielles par exemple sous forme d'onction (dissolution dans une huile), de crème ou de lotion (émulsion huile dans l'eau) pour l'usage externe.

La dispersion dans du miel ou dans de l'huile alimentaire ou simplement sur un sucre est habituelle pour l'administration par la voie orale.